Von Alignment bis Z-Score: Bioinformatik für Einsteiger
>Bioinformatik als Zauberwort einer unverstandenen Magie weckt bei jungen Studenten und ergrauten Professoren Berührungsängste. Nicht alle wagen den Sprung ins kalte Wasser, manch einer sucht nach Begleitung auf den ersten Schritten. Erste Schritte sind wichtig, sie sollen nicht zu schwierig sein und die Lust am Laufen fördern. Genau das hat sich das Lehrbuch "Bioinformatik" von A. M. Lesk vorgenommen.<
Prof. Hans Werner Mewes (GSF, Neuherberg) im Vorwort zur deutschen Ausgabe
Die Bioinformatik ist in kürzester Zeit zu einem der wichtigsten Werkzeuge der Informationssammlung, Dateninterpretation und Wissensschaffung in der biologisch-medizinischen Grundlagenforschung und klinischen Anwendung geworden. Im Zuge der rasanten Entwicklung entsprechender neuer Studiengänge und Arbeitsfelder im gesamten Life-Science-Sektor besteht ein großer Bedarf nach einer grundlegenden und sorgfältig konzipierten Einführung in diesen fundamentalen Zweig der modernen Lebenswissenschaften. Das vorliegende Lehrbuch kommt daher zur rechten Zeit.
Mit seiner klugen Themenauswahl und -gewichtung richtet sich das didaktisch durchdachte und verständlich geschriebene Werk an Studenten und Wissenschaftler, die folgende Fragen beantworten müssen: Wie lassen sich die genom- und proteinbezogenen Datenarchive nutzen und erschließen? Welche Werkzeuge sind entwickelt worden, um sinnvoll mit diesen Archiven umzugehen? Und welche Fragestellungen lassen sich mithilfe dieser Daten und Werkzeuge beantworten? Das Buch zielt darauf ab, ein Verständnis des biologischen Hintergrunds der Bioinformatik mit der Entwicklung der nötigen Computerfertigkeiten zu kombinieren. Nach einem einführenden Kapitel widmen sich die folgenden Abschnitte vier großen Themenkreisen:
- Organisation und Evolution von Genomen
- Archive und die Abfrage von Informationen
- Alignments und phylogenetische Stammbäume
- Proteinstruktur und Medikamentenentwicklung
Als ein Pionier der Nutzung von Bioinformatikverfahren in der Forschung bringt Arthur Lesk seine ganze Erfahrung und Fachkenntnis in diese Darstellung ein. Ohne auf komplizierte computerwissenschaftliche Methoden oder Programmierkenntnisse angewiesen zu sein, unterstützt und ermutigt sein anregend geschriebenes Buch den Leser bei der adäquaten Anwendung der vielen Bioinformatikwerkzeuge. Zahlreiche Beispiele veranschaulichen sowohl die grundlegende Funktion und Leistungsfähigkeit der vielfältigen Programme und (molekularbiologischen) Datenbanken als auch die praktische Vorgehensweise bei der realen Datenanalyse und -recherche im wissenschaftlichen Alltag.
Eine Fülle von Übungs- und Anwendungsaufgaben sowie speziellen ins World Wide Web führenden Problemstellungen fordern den Studenten zur aktiven Mitarbeit auf und erlauben dem Dozenten oder Kursleiter, den Stoff auf die spezifischen Bedürfnisse der Lernenden zuzuschneiden. Ein Begleitangebot im Internet stellt nicht nur die Links zu allen im Buch erwähnten Websites sowie Daten und Programmcodes in exportierbarer Form bereit, sondern veranschaulicht auch zahlreiche Molekülstrukturen in farbigen, animierten Computergrafiken.
Bioinformatik ist eine Wissenschaftsdisziplin und ein Methodenfeld, das in der heutigen Forschung und klinischen Anwendung zu einem der wichtigsten Werkzeuge der Informationssammlung, Dateninterpretation und Wissensschaffung geworden ist. Das vorliegende Lehrbuch kommt zur rechten Zeit und erfüllt den großen Bedarf nach einer grundlegenden und sorgfältig konzipierten Einführung in diesen fundamentalen Zweig der modernen Lebenswissenschaften.
Als ein Pionier der Nutzung von Bioinformatikverfahren in der Forschung bringt Arthur Lesk seine ganze Erfahrung und Fachkenntnis in diese Darstellung ein. Das Buch zielt darauf ab, ein Verständnis des biologischen Hintergrunds der Bioinformatik mit der Entwicklung der nötigen Computerfertigkeiten zu kombinieren. Ohne auf komplizierte computerwissenschaftliche Methoden oder Programmierkenntnisse angewiesen zu sein, unterstützt und ermutigt das anregend geschriebene Buch den Leser bei der adäquaten Anwendung der vielen Bioinformatikwerkzeuge.
Zahlreiche Übungen und Aufgaben sowie innovative webbasierte Problemstellungen ("Webleme"/"WWW-Fragen") fordern den Studenten zur aktiven Teilnahme statt und erlauben dem Dozenten oder Kursleiter, das Material auf die spezifischen Bedürfnisse der Lernenden zuzuschneiden.
Die begleitende (englischsprachige) Website des Originalverlags führt von den im Buch präsentierten Aufgaben und Programmen zu interaktiven Links und ermöglicht es dem Leser somit, ein praktisches Verständnis und Wertschätzung der Macht der Bioinformatik als Forschungswerkzeug zu entwickeln. Unter der URL www.oup.com/uk/lesk/bioinf/ sind folgende Angebote abzurufen:
- Links zu allen im Buch erwähnten Websites
- Grafiken in hoher Qualität einschließlich farbiger Animationen von Strukturschemata
- Material aus dem Buch, das sinnvollerweise in computerlesbarer Form zur Verfügung steht, etwa Daten für die Aufgaben und Übungen sowie alle Programme
- nach Rashidi/Bühler programmatisch wichtiger zweiter Schritt in der jungen Disziplin der Bioinformatik
- Bioinformatik als Lehrfach boomt - überall schießen die universitären Bioinformatikzentren und Studiengänge wie Pilze aus der Erde
- Buch hat ein eigenes Konzept, ist nicht einfach zusammengeschrieben
- sehr gute, kluge Themenauswahl und -gewichtung
- optimale Illustration der Themen durch Beispiele
- didaktisch hervorragend (erfahrener Uni-Lehrer als Autor)
- verständliche Beschreibung eines Grundlagenwissensgerüsts in einem sich immer weiter verästelnden Datenraum
- Hinführung zu einfachen PERL-Programme und entsprechenden Programmieranweisungen
- wir haben für das Buch die Unterstützung (Beratung, Geleitwort) von Prof. Mewes, München, gewonnen, einem der ganz wichtigen Leute in der (biologiegeprägten) Bioinformatik-Szene und Mit-Initiator der Münchner Bioinformatik-Ausbildung (allein dort fangen > 100 Studenten pro Jahr an!)
- OUP hat dem Buch eine "Companion Website" zur Seite gestellt; wir werden dieses (englischsprachige) Zusatzangebot mit aktuellen Links, animierten Molekülmodellen etc. unsere Leser ebenfalls anbieten
Sebastian Vogel
Bioinformatik Datenbanken Genomforschung
(..) Lesk gelingt es anschaulich zu beschreiben, womit sich Bioinformatiker beschäftigen. Wer keine Angst vor Zahlen und Algorithmen hat, der kann von dem Band profitieren. Denn Erlerntes kann in vielen Übungen und Web-Aufgaben überprüft werden.
Ärzte ZEitung
Insgesamt ein sehr interessanter Blickwinkel auf diese unverzichtbare Wissenschaft, der hoffentlich breite Beachtung finden wird.
Biotec
Eine gute Mischung aus biologischen Ausführungen und reiner Informatik.
Vogt-Schild
Die derzeit beste Einführung.
ekz-Informationsdienst
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