data driven classification of host-plant response (virus-plant)
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Beschreibung
Im Angesicht unzähliger und stark veränderlicher Pathogene und Krankheitsbilder, die Nutzpflanzen auf der ganzen Welt betreffen, ist eine robuste und anpassungsfähige diagnostische Methode essential um Lebensmittelsicherheit und Samenqualität in einem globalisierten Markt zu garantieren. In dieser Arbeit werden innovative Techniken angewandt um hochgradig sensitive genetische Methoden mit schneller, robuster und einfach zu nutzender Bioinformatik zu verbinden. Es handelt sich um eine profilbasierte Klassifikationsmethode die in der Lage ist, viele Proben auf eine Vielzahl verschiedenster Pathogene gleichzeitig zu untersuchen und dabei kein tiefes Wissen über die zu Grunde liegenden, molekularen Hintergründe voraussetzt. Die komplexe Bioinformatik, die normalerweise mit einer NGS einhergeht, wird stark reduziert, was die Verwendung auf alltäglicher Hardware ermöglicht und dies auch für Personen die keinen Hintergrund in Bioinformatik haben. Diese Methode, die in der Lage ist, schnell genetische Proben auf eine Vielzahl von Krankheitsbildern und Pathogenen zu untersuchen, hat das Potential die diagnostische Landschaft grundlegend zu ändern.
Autor*in
Steffen Pallarz
Themen in »data driven classification of host-plant response (virus-plant)«
Alignment-Free Bioinformatics Diagnostics Host Response NGS Phytomedicine RNA-Sequence